Base de datos genética del SARS-CoV-2 ofrece un enfoque de medicina de precisión para adaptar los tratamientos para la COVID-19

La base de datos, llamada PAGER-CoV, desarrollada por científicos de la Universidad de Alabama en Birmingham (Birmingham, AL, EUA) es una extensión de PAGER, una base de datos de conjuntos de genes creada hace unos 10 años. La base de datos incluye 11835 PAG, que significa caminos, listas de genes anotadas y firmas de genes. Los caminos son la hoja de ruta que describe cómo se activan y desactivan los genes y cómo establecen conexiones entre sí.

Las listas de genes anotadas son información empírica que los investigadores recopilan de experimentos o de la literatura. Las listas de genes ayudan a los investigadores a comprender cómo se comporta un determinado tipo de célula en diferentes condiciones. Una firma genética es un patrón único de expresión génica dentro de una célula de uno o un grupo de genes, que proporciona información sobre la actividad de esos genes en la célula. Según los científicos, el SARS-CoV-2 tiene 15 genes, con escasa información sobre cómo estos genes afectan a las células humanas. Los efectos posteriores del coronavirus no se comprenden bien, y una mejor comprensión podría conducir a terapias personalizadas basadas en el comportamiento de los genes.

Los científicos buscaron en la literatura médica todos los artículos relacionados con el virus SARS-CoV-2. Luego emplearon herramientas de ciencia de datos para realizar un procesamiento e integración de datos completos. Se utilizaron supercomputadoras para establecer medidas de calidad y desarrollar relaciones PAG-a-PAG. Los usuarios pueden buscar en la base de datos con cualquier gen humano o un PAG de interés, profundizar en la entrada de su base de datos y navegar a otros PAG relacionados a través de relaciones compartidas de comembresía de PAG a PAG o relaciones regulatorias de PAG a PAG. Hasta la fecha, hay 19.996.993 relaciones PAG a PAG almacenadas en la base de datos. PAGER-CoV está disponible gratuitamente para el público sin requisitos de registro o inicio de sesión y crecerá a medida que haya nueva información disponible y agregada a la base de datos.

“El objetivo aquí es reunir toda esta información en una base de datos de búsqueda para que los investigadores puedan comprender mejor cómo se comportan o funcionan los genes del virus en diversas condiciones biofísicas, como los pacientes con COVID-19 grave o con COVID-19 de larga duración”, dijo Jake Chen, Ph.D., profesor del Departamento de Genética de la Universidad de Alabama en Birmingham y director asociado del Instituto de Informática de la Facultad de Medicina de la UAB. “Necesitamos saber cómo interactúan las proteínas del virus con las células humanas, y tenemos que saber qué podemos hacer al respecto. No hay escasez de posibles terapias. Hay una escasez de regímenes que emparejarán el tratamiento adecuado con la persona adecuada. La medicina basada en datos de precisión es lo que este trabajo ayudará a que los médicos de COVID-19 comprendan”.

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Universidad de Alabama en Birmingham