Análisis de amplificación isotérmica mediada por bucle diagnostica rápidamente la COVID-19

El ensayo de amplificación isotérmica mediada por bucle (LAMP) es robusto, rápido y sencillo, pero conserva una alta sensibilidad. Estas características han hecho que el ensayo LAMP y la inclusión de una transcriptasa inversa (RT-LAMP), se hayan implementado para una amplia gama de aplicaciones de diagnóstico molecular que van desde enfermedades infecciosas, virus, bacterias y parásitos, hasta el cáncer.

Los microbiólogos de la Universidad de Melbourne (Melbourne, Australia) y sus asociados recolectaron 157 hisopados nasofaríngeos positivos confirmados entre el 23 de marzo y el 4 de abril de 2020. El equipo desarrolló una prueba molecular rápida llamada LAMP Optigene, de tubo único para el gen N1 (N1-STOP-LAMP), un ensayo de amplificación isotérmica mediada por bucle de transcriptasa inversa. Se recolectaron hisopos flocados de Copan y se inocularon directamente en el sitio en 1 mL o 3 mL de medio de transporte universal (UTM, Copan Diagnostics, Murrieta, CA, EUA).

Se procesó una alícuota de 200 µL de Copan UTM a través del QIAsymphony DSP Virus/Patógeno mini kit (Qiagen, Hilden, Alemania), en el instrumento QIAsymphony SP. Cada reacción N1-STOP-LAMP se ensambló en tiras Genie de 8 tubos (OptiGene Ltd, Horsham, Reino Unido) o placa de reacción 96-MicroAmp-Fast-Optical (Applied Biosystems, Foster City, CA, EUA). Los tubos de tiras se cargaron en OptiGene Genie-II o Genie-III y se procesaron placas de 96 pozos en un termociclador QuantStudio 7 de Applied Biosystems.

Los científicos informaron que la evaluación del ensayo mediante el análisis de 157 muestras clínicas previamente examinadas por RT-qPCR del gen E, reveló que el ensayo N1-STOP-LAMP tenía una sensibilidad y una especificidad del 87% y 100%, respectivamente. Los resultados fueron rápidos, con un tiempo promedio de positividad (Tp) para 93 muestras clínicas de 14 ± 7 minutos. El equipo también evaluó el desempeño del ensayo en comparación con las pautas de la FDA para la implementación de diagnósticos de uso en emergencias y estableció un límite de detección de 54 dosis infecciosas 50 por mL en cultivo de tejidos (TCID50 mL−1), con una sensibilidad y especificidad satisfactorias del ensayo. Una comparación de 20 muestras clínicas entre cuatro laboratorios mostró una excelente concordancia entre laboratorios; funcionando igualmente bien en tres termocicladores diferentes de uso común, lo que apunta a la solidez del ensayo.

Los autores concluyeron que, con un flujo de trabajo simplificado, el ensayo LAMP Optigene de tubo único del gen N1, es una opción poderosa y escalable para la detección rápida y específica del SARS-CoV-2 y un recurso adicional en el arsenal de diagnóstico contra la COVID-19. El estudio fue publicado el 5 de agosto de 2020 en la revista Journal of Medical Microbiology.

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