Tecnología nueva ofrece método rentable para encontrar variantes nuevas del SARS-CoV-2

El nuevo método, denominado COVseq, fue desarrollado por investigadores del laboratorio Bienko-Crosetto del Karolinska Institutet y del Laboratorio Science for Life (SciLifeLab; (Estocolmo, Suecia) y se puede utilizar para la vigilancia del genoma viral a escala masiva a un costo bajo.

En primer lugar, se crean muchas copias del genoma viral mediante la denominada PCR multiplex (reacción en cadena de la polimerasa). Luego, las muestras se etiquetan y agrupan en la misma biblioteca de secuenciación, utilizando un método anterior desarrollado en el laboratorio Bienko-Crosetto y ahora adaptado para el análisis de SARS-CoV-2. Los análisis comparativos de 29 muestras positivas de SARS-CoV-2 revelaron que COVseq tenía una capacidad similar al método estándar para identificar pequeños cambios en el genoma. Los análisis de 245 muestras adicionales mostraron que COVseq también tenía una alta capacidad para detectar variantes emergentes de coronavirus de posible preocupación. La ventaja clave de COVseq sobre los métodos existentes es la rentabilidad.

“Al realizar reacciones en volúmenes muy pequeños y agrupar cientos de muestras en la misma biblioteca de secuenciación, podemos secuenciar potencialmente miles de genomas virales por semana a un costo de menos de 15 dólares por muestra”, dijo Ning Zhang, primer autor conjunto del artículo

“Nuestro método económico se podría usar de inmediato para la vigilancia genómica del SARS-CoV-2 por parte de las agencias de salud pública y también se podría adaptar fácilmente a otros virus ARN, como los virus de la influenza y el dengue”, agregó Nicola Crosetto, investigador principal del Departamento de Medicina Bioquímica y Biofísica, Karolinska Institutet y último autor del artículo.

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Karolinska Institutet